No caso da Suíça, não os critico. É uma questão cultural e histórica.
Antigamente, grupos primitivos se estabeleciam em áreas defensáveis militarmente, e economicamente adequadas ao tamanho do grupo, áreas essas que eram primordialmente do grupo.
E dentro dessas áreas originalmente apropriadas, a terra era dividida entre os membro do grupo. Tendo bens em comum, tinham também governo em comum, que cuidava primordialmente de justiça, defesa e presença de estrangeiros (afinal a área comum era do grupo, e portanto era natural que a presença de estrangeiros dependesse da anuência do grupo).
Num processo posterior, governos cresceram territorialmente, dominando outros grupos e inclusive vastos territórios vazios, o que impedia outros grupos de lá se estabelecerem, e cresceram institucionalmente, aumentando enormemente as suas próprias atribuições. Disso resultaram estados de grande extensão territorial, e opressivos até o ponto do totalitarismo (de que URSS e China comunista foram os exemplos mais gritantes).
Claramente, este não é o caso da Suíça. Não só é um estado pequeno, que nunca praticou o expansionismo, como também é dividido em vários cantões, cada um deles de área bastante pequena, com extrema autonomia, e liberdade de secessão. Esses cantões, claramente são algo bastante próximo das áreas de apropriação original dos grupos.
Idealmente, as cidades dentro dos cantões deveriam ter autonomia para tratar independentemente dessas coisas, mas não estou dizendo aqui que a Suíça é um país ideal, apenas digo que a autonomia local chega perto do que era originalmente. Não sei se os cantões teriam autonomia para impor uma lei diferente sobre os minaretes dentro de seu território, mas certamente teriam autonomia para se separarem e depois permitirem ou não minaretes.
Deve ser observado que a questão dos minaretes não é considerada como relativa a liberdade de religião (esta pode ser praticada livremente, e não depende de construções físicas), mas como relativa à política para com estrangeiros residentes (que é algo que fazia parte das atribuições originais dos governos primitivos).